Zarzuty te wywołały reakcję władz gubernatorskich, które we wrześniu 1863 r. zażądały protokołu Rady Miejskiej Łodzi dotyczącego „pobudowania drugiego kościoła ewangelickiego tamże wraz z innemi wymaganemi przez Kommissyę Rządową dowodami i tłumaczeniem Magistratu Miasta Łodzi co do uczynionego mu przez Konsystorza zarzutu iż dążył do opóźnienia budowy w mowie będącego Koscioła”. Magistrat tłumaczył się, że już w marcu tegoż roku wydał inżynierowi powiatu zlecenie, aby odpowiedni plac „wskazał takowy pomierzył i plan sytuacyjny sporządził”. Budowniczy jednak tego polecenia nie wykonał. Ostatecznie miejsce pod budowę planowanej świątyni wyznaczono i w październiku 1864 r. był już gotowy jego plan sytuacyjny. Działka leżała przy ul. Dzikiej, pomiędzy ulicami Główną i Nawrot, w odległości zaledwie ok. 400 m na południe od budującego się przy tej samej ulicy kościoła katolickiego. Założono przy tym alternatywie możliwość budowy po wschodniej bądź zachodniej stronie ulicy. Właścicielem położonych na wybranym pod budowę terenie działek, o numerach 1093 1096, zgodzili się je oddać w zamian za inne ofiarowane przez władze miejskie.

Kryzys w przemyśle łódzkim był jednak faktem i o realnym przystąpieniu do budowy drugiego kościoła ewangelickiego nie można było w tych latach myśleć. Także władze nie spieszyły się z zatwierdzeniem lokalizacji planowanego kościoła, gdyż jeszcze w sierpniu 1867 r. sprawa nie była definitywnie załatwiona. Z pewnością brak odpowiednich funduszy sprawił, że kwestia ta ucichła na dłuższy czas. Pojawiła się ponownie w czerwcu 1872 r., gdy świeżo mianowany architekt miejski Łodzi Hilary Majewski otrzymał polecenie oznaczenia placu pod projektowany kościół. Rosnące od końca lat szcześćdziesiątych fortuny łódzkich przemysłowców, z których większość była wyznania ewangelicko augsburskiego, sprawiły, że w połowie następnej dekady można już było realnie myśleć o przygotowaniach do budowy nowej świątyni. Przełomowym momentem było zebranie ogółu parafian 17 lutego 1876 r. na którym Karol Scheibler zadeklarował na budowę kościoła 50 tys. rb. Jednocześnie wybrany Komitet Budowy, z K. Scheiblerem na czele, rozpoczął gromadzenie funduszy i załatwianie formalności urzędowych. Zgodnie z obowiązującym od 1867 r. przepisami władz carskich zgodę na budowę obiektu sakralnego na terenie Królestwa Polskiego musiało wydać Ministerstwo Spraw Wewnętrznych w St. Petersburgu (Departament Spraw Religijnych Obcych Wyznań). Zgoda taka przyszła w maju 1878 r. pod warunkiem zebrania kolejnych 50 tys. rb. (koszt budowy szacowano na ok. 100 tys. rb.). W 1879 r. powstał projekt budowy kościoła, gotowy w grudniu, wykonany wg ówczesnych źródeł drukowanych przez Ludwika (Louisa) Schreibera, architekta, o którym wiadomo jedynie tyle, że pracował w tych latach dla K. Scheiblera, a w końcu lat osiemdziesiątych mieszkał w Kolonii. Jednak dopiero w grudniu następnego roku przekazano go do zatwierdzenia rządowi gubernialnemu w Piotrkowie. W raporcie prezydent Łodzi do rządu piotrkowskiego z 18 grudnia 1880 r. czytamy, że autorem przekazywanego projektu jest architekt miejski H. Majewski. Podpis Majewskiego widnieje także na zachowanej w archiwaliach RGP kopii projektu, z adnotacją „zgodnie z oryginałem” oraz na datowanym na 16 marca 1881 r. opisie technicznym do projektu. Stoi to w sprzeczności z informacjami o autorstwie L. Schreibera. Wydaje się, że podanie architekta miejskiego jako autora planów na oficjalnych dokumentach oraz na przygotowanej do zatwierdzenia wersji projektu (musiała być ona utrzymana w odpowiedniej skali 1:172, posiadać obowiązującą w Rosji miarę w sążniach i opis w języku rosyjskim) i jej kopiach, miało ułatwić i przyspieszyć jego zatwierdzenie przez rząd gubernialny, a następnie Ministerstwo Spraw Wewnętrznych w Petersburgu. Zapewne obawiano się, że projekt wykonany przez obcego architekta – a L. Schreiber mieszkający czasowo w Łodzi był z pewnością poddanym niemieckim – może napotkać trudności. Domyślać się można, że takie mniemanie prawdopodobnie utwierdził wśród Komitetu Budowy sam H. Majewski, który za firmowanie swoim nazwiskiem projektu (i wykonanie zgodnie z obowiązującymi w Rosji przepisami jego wersji) mógł czerpać określone profity.

Zatwierdzenie projektu nastąpiło 27 maja 1881 r. Jednak łódzcy ewangelicy już ponad rok wcześniej, wiosną 1880 r., przystąpili do prac budowlanych. 1 lipca 1880 roku odbyła się uroczystość poświęcenia kamienia węgielnego. Zebranie funduszy pozwoliło na szybką realizację inwestycji. Prace prowadziło przesiębiorstwo Roberta Nestlera, z którego nazwiskiem zetknęliśmy się już przy budowie drugiego kościoła katolickiego. Nadzorował je początkowo L. Schreiber, później H. Majewski. Tym samym architekt miejski decydował o szczegółach wykończenia budowli, szczególnie jej wnętrza, podobnie jak to miało miejsce w przypadku katolickiego kościoła Podwyższenia św. Krzyża. W końcu 1883 r. kościół był już gotowy w stanie surowym, a zakończenie wieży i ustawienie na jej szczycie krzyża uświetniono uroczystością włożenia do kuli u podstaw krzyża okolicznościowego dokumentu z krótką historią obiektu, nazwiskami inicjatorów i twórców budowy. Jeszcze blisko rok trwały prace wykończeniowe nim 4 października 1884 r. obyło się uroczyste poświęcenie gotowego kościoła, któremu nadano wezwanie św. Jana.

Pierwsze i jedyne w mieście duszpasterstwa inteligencji i młodzieży akademickiej poprowadził o. Tomasz Rostworowski SJ. Ewangelie głosili tu m.in. św. Jan Paweł II (1971 r.), bł. Stefan kard. Wyszyński, o. Generał Pedro Aruppe SJ, o. Generał Arturo Sosa SJ.

Świątynia neoromańska z wartościowymi elementami architektonicznymi, cennymi polichromiami i wyposażeniem wnętrza została wpisana do rejestru zabytków dnia 20 stycznia 1971 r. oraz 29 grudnia 1989 r.

Po ogłoszeniu stanu wojennego 13 grudnia 1981 roku o. Stefan Miecznikowski SJ objął pomocą duchową i materialną działaczy łódzkiej „Solidarności” i ich rodziny. Demokratyczne władze samorządowe przyznały mu tytuł Honorowego Obywatela Miasta Łodzi. Kolejnym etapem duchowego rozwoju formacyjnego była działalność o. Józefa Kozłowskiego SJ, który w 1987 r. powołał Mocnych w Duchu, których znaczenie wykracza poza granice kraju. Dwa razy w miesiącu celebrowana jest Msza św. z modlitwą w intencji uzdrowienia, w której uczestniczą tysiące wiernych z kraju i zagranicy. Działalność Mocnych w Duchu zaowocowała powołaniami do stanu dziewic konsekrowanych w Archidiecezji. 1 stycznia 2006 r. ks. abp konsekrowała w tej świątyni dwie pierwsze dziewice konsekrowane w Archidiecezji. Od tego czasu przygotowanie do stanu dziewic konsekrowanych, konsekracja oraz formacja stała dziewic odbywa się w tym kościele.

Od 2009 r. rozpoczęto stałe transmisje internetowe z kościoła. Początkowo tylko mszy św. z modlitwą o uzdrowienie, a od 2014 r. również innych wydarzeń religijnych poprzez YouTube. W 2019 r. powstała przy świątyni telewizja internetowa, która od początku pandemii, która wybuchła w marcu 2020 r. służyła tysiącom Polaków w Polsce i wśród Polonii, ze szczególnym uwzględnieniem duszpasterstwa dzieci. 1 września 2020 r. ks. Arcybiskup Grzegorz Ryś nadał świątyni tytuł Sanktuarium Najświętszego Imienia Jezus. Dekret został odczytany podczas poświęcenia nowej szkoły podstawowej im. św. Ignacego Loyoli prowadzonej przez Mocnych w Duchu przy ul. Żeromskiego 26 w Łodzi.